D. Manuel, cunhado e primo de D. João II, surge na linha de sucessão para o trono de Portugal devido à morte do herdeiro legítimo, o príncipe D. Afonso. Mantendo os sonhos de União Ibérica do seu predecessor, toma por noiva D. Isabel, viúva do seu malogrado primo e herdeira da coroa de Espanha. D. Manuel, que mantivera até então uma política tolerante para com os judeus, foi forçado a aceitar por exigência da noiva (filha dos Reis Católicos) a condição matrimonial da expulsão daqueles, o que gerou graves consequências sociais e actos de extrema violência.

No entanto, o reinado de D. Manuel I é especialmente marcado pela transformação do reino de Portugal num imenso Império, incrementado pela continuidade na política expansionista da Coroa conduzida por este soberano. Com a descoberta do caminho marítimo para a Índia e do Brasil, a consolidação de posições no Índico, a exploração das Molucas e o estabelecimento de relações comerciais de dimensão mundial, Portugal torna-se na primeira potência de relevo mundial.

Em concordância com esta política expansionista, o investimento militar em Marrocos mantém-se prioritário para o governo da Nação, pois as praças-fortes norte-africanas de Ceuta, Tânger, Alcácer Ceguer e Arzila encontravam-se em complexa situação devido ao contínuo assédio mouro. Assim, é arquitectado um projecto de expansão ao longo da costa sul marroquina resultante numa sucessão de conquistas que culmina com a fundação da fortaleza de Mazagão em 1513, numa localização estratégica dominando um porto e uma região de férteis terrenos.

A nível interno, D. Manuel I é, à maneira dos seus predecessores, um rei centralizador. Externamente, o Rei Venturoso mantém uma política exemplar de neutralidade, mantendo-se prudentemente imparcial nas grandes contendas europeias do seu tempo.  

D. Manuel I e o Mosteiro de Alcobaça 

D. Manuel é o mentor de uma política de intervenção no Mosteiro de Alcobaça que originaria a nomeação do infante D. Afonso como Abade do mosteiro em 1519. Fruto da menoridade, deste, a responsabilidade do cargo transitaria directamente para o Rei, que, nesse mesmo ano, e em resposta à solicitação de Vasco de Pina, Alcaide-mor de Alcobaça, ordena que este dê bom andamento às obras em curso no monumento.
Sob nomeação régia, Vasco Pina assume o cargo de administrador e vedor, e João de Castilho o de mestre-de-obras.

Do conjunto de melhoramentos programados salienta-se a construção da nova Sacristia, o belíssimo Cadeiral e o piso superior do Claustro do Silêncio. Rasgado a partir de uma das Capelas Radiantes, nasce um Átrio de acesso à Sacristia. Neste, destacam-se o seu magnífico portal e abóbada, traçados por João de Castilho e onde terão trabalhado João de Ruão, Mestre Nicolau e Rui Garcia. Estes dois marcos da arquitectura manuelina em Alcobaça sobreviveram ao terramoto de 1755, ao contrário do interior da Sacristia, da qual permaneceram apenas as paredes e contrafortes.

Em 1810, queimado pelos soldados franceses da terceira invasão napoleónica, desapareceu o cadeiral da Igreja, obra-prima da arte manuelina, composto por cento e cinquenta lugares repartidos por duas fiadas. Prolongados até ao telhado e rematados por gárgulas zoomórficas, os contrafortes do Claustro de D. Dinis, deram origem ao novo sobreclaustro. Os seus arcos de volta perfeita encimados por arcos abatidos repousam em finos colunelos graciosamente decorados com motivos vegetalistas tão característicos da arte manuelina.