D. Afonso foi jurado herdeiro em 1653, por morte do seu irmão mais velho, o príncipe D. Teodósio. Tendo sofrido ainda muito novo de “uma espécie de «febre maligna» que o tornara mentalmente incapaz e sofrendo de mal hemiplégico” (J. Veríssimo Serrão, História de Portugal, Vol. V, p. 46), o futuro Rei não tinha perfil para o papel que o destino lhe reservara. Assim, quando em 15 de Novembro de 1656 foi aclamado rei, D. Afonso VI era fonte de preocupação para a Rainha, pois divertia-se provocando distúrbios com bandos de malfeitores pelas ruas de Lisboa e, sempre que era contrariado, tornava-se irado e violento. O seu fraco espírito permitiu ao jovem Conde de Castelo Melhor, Luís de Vasconcelos e Sousa, ganhar influência junto do jovem Monarca e tornar-se numa das mais importantes figuras do seu tempo.

O Conde de Castelo Melhor, em quem D. Afonso VI depositava total confiança, provou ser uma excelente compensação da fragilidade mental do Rei, revelando dotes de grande estadista. A sua figura fica inconfundivelmente associada à consolidação da Restauração da monarquia portuguesa, que conhece episódios dramáticos com as notícias de provenientes de Espanha em 1661 que anunciavam a preparação de uma invasão, que vem a ocorrer na Primavera de 1663. As forças espanholas, contando com cerca de vinte mil efectivos, tomam a mal defendida Évora, mas, a 8 de Junho, são derrotados na Batalha do Ameixial, que provoca a fuga para Badajoz do exército invasor, que abandona milhares de mortos e prisioneiros e ainda um grande espólio no campo da peleja. Ainda nesse mês, a guarnição castelhana de Évora rende-se ao Conde de Vila Flor.

Ainda não tinha terminado, porém, o conflito, pois no ano seguinte nova invasão acomete a Beira, com nova vitória das forças portuguesas que, em inferioridade numérica, derrotam o Duque de Ossuna em Castelo Rodrigo. Em 1664, nova invasão, desta feita no Alentejo, culminando com a Batalha de Montes Claros, que resulta em retumbante sucesso para as forças portuguesas. Embora os recontros e escaramuças se tenham prolongado durante mais algum tempo, a paz é finalmente assinada no início de 1668, assegurando assim a soberania de Portugal.

Porém, o casamento de D. Afonso VI com Maria Francisca de Sabóia vem precipitar a queda de Castelo Melhor, pois a Rainha, que ganha ascendente sobre o Rei e se torna muito próxima do Infante D. Pedro, incompatibiliza-se com o estadista. Maria Francisca, que almejava o enlace com o Infante, procura a dissolução do matrimónio com D. Afonso VI, o que vem a causar a abdicação do Rei. Esta consuma-se nas Cortes de 1 de Janeiro de 1668, data em que tem início o período de regência de D. Pedro.

Condenado a suportar o cárcere até ao fim dos seus dias, D. Afonso VI foi agravando a sua condição física e mental até que expirou, em 1683, no Palácio de Sintra, onde vivera os últimos nove anos. D. Pedro II era então, finalmente, aclamado Rei.

D. Afonso VI e o Mosteiro de Alcobaça  

Durante o reinado de D. Afonso VI, a fachada Norte do Mosteiro de Alcobaça foi alvo de obras de ampliação e remodelação.

Segundo alguns autores terá sido iniciativa do Monarca o recuo da cerca do Mosteiro, no século XVII, dando origem à urbe de Alcobaça.

Contudo, a obra mais significativa deste período é, sem dúvida, a construção de um claustro no lugar da primitiva Cozinha medieval entre 1656 e 1667, sendo também acrescentados mais pisos à Hospedaria.